خبریں

پچھلی دہائی میں، جین کی ترتیب دینے والی ٹیکنالوجی کینسر کی تحقیق اور طبی مشق میں بڑے پیمانے پر استعمال کی گئی ہے، جو کینسر کی سالماتی خصوصیات کو ظاہر کرنے کا ایک اہم ذریعہ بنتی ہے۔ سالماتی تشخیص اور ٹارگٹڈ تھراپی میں پیشرفت نے ٹیومر کی درستگی کے علاج کے تصورات کی ترقی کو فروغ دیا ہے اور ٹیومر کی تشخیص اور علاج کے پورے شعبے میں زبردست تبدیلیاں لائی ہیں۔ جینیاتی جانچ کا استعمال کینسر کے خطرے سے خبردار کرنے، علاج کے فیصلوں کی رہنمائی اور تشخیص کا جائزہ لینے کے لیے کیا جا سکتا ہے، اور یہ مریض کے طبی نتائج کو بہتر بنانے کا ایک اہم ذریعہ ہے۔ یہاں، ہم کینسر کی تشخیص اور علاج میں جینیاتی جانچ کے اطلاق کا جائزہ لینے کے لیے CA Cancer J Clin, JCO, Ann Oncol اور دیگر جرائد میں شائع ہونے والے حالیہ مضامین کا خلاصہ کرتے ہیں۔

سومیٹک اتپریورتن اور جراثیمی تغیرات۔ عام طور پر، کینسر ڈی این اے کی تبدیلیوں کی وجہ سے ہوتا ہے جو والدین سے وراثت میں مل سکتا ہے (جرم لائن میوٹیشنز) یا عمر کے ساتھ حاصل کیا جا سکتا ہے (سومیٹک میوٹیشنز)۔ جراثیم کی لکیر کے تغیرات پیدائش سے ہی موجود ہوتے ہیں، اور اتپریورتی عام طور پر جسم کے ہر خلیے کے ڈی این اے میں تبدیلی لاتا ہے اور یہ اولاد میں منتقل ہو سکتا ہے۔ سومیٹک تغیرات غیر گیمیٹک خلیوں میں افراد کے ذریعہ حاصل کیے جاتے ہیں اور عام طور پر اولاد میں منتقل نہیں ہوتے ہیں۔ جراثیم کی لکیر اور سومیٹک تغیرات دونوں خلیات کی عام فعال سرگرمی کو تباہ کر سکتے ہیں اور خلیوں کی مہلک تبدیلی کا باعث بن سکتے ہیں۔ سومیٹک اتپریورتن بدنیتی کا ایک اہم محرک اور آنکولوجی میں سب سے زیادہ پیش گوئی کرنے والا بائیو مارکر ہے۔ تاہم، تقریباً 10 سے 20 فیصد ٹیومر کے مریضوں میں جراثیمی تغیرات ہوتے ہیں جو ان کے کینسر کے خطرے کو نمایاں طور پر بڑھاتے ہیں، اور ان میں سے کچھ تغیرات علاج کے لیے بھی ہوتے ہیں۔
ڈرائیور کی تبدیلی اور مسافر کی تبدیلی۔ ڈی این اے کی تمام قسمیں سیل کے کام کو متاثر نہیں کرتی ہیں۔ اوسطاً، یہ پانچ سے دس جینومک واقعات لیتا ہے، جسے "ڈرائیور میوٹیشنز" کہا جاتا ہے، تاکہ خلیے کے عام انحطاط کو متحرک کیا جا سکے۔ ڈرائیور تغیرات اکثر جینوں میں ہوتے ہیں جو سیل کی زندگی کی سرگرمیوں سے قریبی تعلق رکھتے ہیں، جیسے کہ خلیے کی نشوونما کے ضابطے، ڈی این اے کی مرمت، سیل سائیکل کنٹرول اور زندگی کے دیگر عمل میں شامل جینز، اور علاج کے اہداف کے طور پر استعمال ہونے کی صلاحیت رکھتے ہیں۔ تاہم، کسی بھی کینسر میں اتپریورتنوں کی کل تعداد کافی بڑی ہوتی ہے، کچھ چھاتی کے کینسر میں چند ہزار سے لے کر کچھ انتہائی متغیر کولوریکٹل اور اینڈومیٹریال کینسروں میں 100,000 سے زیادہ تک۔ زیادہ تر اتپریورتنوں کی کوئی یا محدود حیاتیاتی اہمیت نہیں ہوتی، یہاں تک کہ اگر یہ تغیر کوڈنگ کے علاقے میں ہوتا ہے، ایسے غیر معمولی تغیراتی واقعات کو "مسافر میوٹیشن" کہا جاتا ہے۔ اگر کسی مخصوص ٹیومر کی قسم میں جین کی مختلف حالت علاج کے خلاف اس کے ردعمل یا مزاحمت کی پیشین گوئی کرتی ہے، تو اس قسم کو طبی لحاظ سے قابل عمل سمجھا جاتا ہے۔
آنکوجینز اور ٹیومر دبانے والے جین۔ کینسر میں اکثر تبدیل ہونے والے جینز کو تقریباً دو قسموں میں تقسیم کیا جا سکتا ہے، آنکوجینز اور ٹیومر دبانے والے جین۔ عام خلیوں میں، آنکوجینز کے ذریعے انکوڈ شدہ پروٹین بنیادی طور پر سیل کے پھیلاؤ کو فروغ دینے اور سیل اپوپٹوسس کو روکنے کا کردار ادا کرتا ہے، جبکہ آنکوسوپریسر جینز کے ذریعے انکوڈ شدہ پروٹین بنیادی طور پر خلیے کے معمول کے افعال کو برقرار رکھنے کے لیے سیل ڈویژن کو منفی طور پر منظم کرنے کے لیے ذمہ دار ہے۔ مہلک تبدیلی کے عمل میں، جینومک اتپریورتن آنکوجین کی سرگرمی میں اضافہ اور oncosuppressor جین کی سرگرمی میں کمی یا کمی کا باعث بنتی ہے۔
چھوٹا تغیر اور ساختی تغیر۔ یہ جینوم میں تغیرات کی دو اہم اقسام ہیں۔ چھوٹی قسمیں ڈی این اے کو تبدیل کرنے، حذف کرنے، یا چھوٹی تعداد میں اڈوں کو شامل کرکے تبدیل کرتی ہیں، بشمول بیس داخل کرنا، حذف کرنا، فریم شفٹ، کوڈن نقصان کو روکنا، کوڈن نقصان کی تبدیلیوں کو روکنا، وغیرہ۔ ساختی تغیرات ایک بڑی جینوم ری آرنجمنٹ ہے، جس میں جین کے سیگمنٹس شامل ہوتے ہیں جن میں چند ہزار بیسز سے لے کر بڑی تعداد میں کاپی جینوم کی تبدیلیاں شامل ہیں۔ کروموسوم کو حذف کرنا، نقل کرنا، الٹا جانا یا نقل مکانی کرنا۔ یہ تغیرات پروٹین کے فنکشن میں کمی یا اضافہ کا سبب بن سکتے ہیں۔ انفرادی جین کی سطح پر ہونے والی تبدیلیوں کے علاوہ، جینومک دستخط بھی کلینیکل سیکوینسنگ رپورٹس کا حصہ ہیں۔ جینومک دستخطوں کو چھوٹے اور/یا ساختی تغیرات کے پیچیدہ نمونوں کے طور پر دیکھا جا سکتا ہے، بشمول ٹیومر میوٹیشن لوڈ (TMB)، مائیکرو سیٹلائٹ عدم استحکام (MSI)، اور ہومولوگس ری کمبینیشن نقائص۔

کلونل میوٹیشن اور سب کلونل میوٹیشن۔ کلونل میوٹیشن تمام ٹیومر خلیوں میں موجود ہیں، تشخیص کے وقت موجود ہیں، اور علاج کی ترقی کے بعد بھی موجود رہتے ہیں۔ لہذا، کلونل اتپریورتنوں میں ٹیومر کے علاج کے اہداف کے طور پر استعمال ہونے کی صلاحیت ہے۔ ذیلی کلونل میوٹیشنز کینسر کے خلیوں کے صرف ایک ذیلی سیٹ میں موجود ہوتے ہیں اور تشخیص کے آغاز میں اس کا پتہ لگایا جا سکتا ہے، لیکن بعد میں تکرار کے ساتھ غائب ہو جاتا ہے یا علاج کے بعد ہی ظاہر ہوتا ہے۔ کینسر ہیٹروجنیٹی سے مراد ایک ہی کینسر میں متعدد ذیلی کلونل میوٹیشنز کی موجودگی ہے۔ خاص طور پر، تمام عام کینسر پرجاتیوں میں طبی لحاظ سے اہم ڈرائیور اتپریورتنوں کی اکثریت کلونل میوٹیشن ہے اور کینسر کے بڑھنے کے دوران مستحکم رہتی ہے۔ مزاحمت، جو اکثر ذیلی کلونز کے ذریعے ثالثی کی جاتی ہے، ہو سکتا ہے کہ تشخیص کے وقت اس کا پتہ نہ چل سکے لیکن جب یہ علاج کے بعد دوبارہ شروع ہوتا ہے تو ظاہر ہوتا ہے۔

روایتی تکنیک FISH یا سیل کیریٹائپ کا استعمال کروموسومل سطح پر ہونے والی تبدیلیوں کا پتہ لگانے کے لیے کیا جاتا ہے۔ FISH کو جین فیوژن، ڈیلیٹیشن، اور امپلیفیکیشنز کا پتہ لگانے کے لیے استعمال کیا جا سکتا ہے، اور اس طرح کی مختلف حالتوں کا پتہ لگانے کے لیے اسے "گولڈ اسٹینڈرڈ" سمجھا جاتا ہے، اعلی درستگی اور حساسیت لیکن محدود تھرو پٹ کے ساتھ۔ کچھ ہیماتولوجک خرابی، خاص طور پر شدید لیوکیمیا میں، کیریوٹائپنگ کا استعمال اب بھی تشخیص اور تشخیص کی رہنمائی کے لیے کیا جاتا ہے، لیکن اس تکنیک کو آہستہ آہستہ FISH، WGS، اور NGS جیسے ہدف شدہ مالیکیولر اسسیس سے تبدیل کیا جا رہا ہے۔
انفرادی جینز میں ہونے والی تبدیلیوں کا پتہ PCR سے لگایا جا سکتا ہے، ریئل ٹائم PCR اور ڈیجیٹل ڈراپ PCR دونوں۔ یہ تکنیکیں زیادہ حساسیت رکھتی ہیں، خاص طور پر چھوٹے بقایا گھاووں کا پتہ لگانے اور ان کی نگرانی کے لیے موزوں ہیں، اور نسبتاً کم وقت میں نتائج حاصل کر سکتی ہیں، نقصان یہ ہے کہ پتہ لگانے کی حد محدود ہے (عام طور پر صرف ایک یا چند جینوں میں تغیرات کا پتہ لگاتے ہیں)، اور متعدد ٹیسٹ کرنے کی صلاحیت محدود ہے۔
امیونو ہسٹو کیمسٹری (IHC) ایک پروٹین پر مبنی مانیٹرنگ ٹول ہے جو عام طور پر بائیو مارکر جیسے ERBB2 (HER2) اور ایسٹروجن ریسیپٹرز کے اظہار کا پتہ لگانے کے لیے استعمال ہوتا ہے۔ IHC کو مخصوص تبدیل شدہ پروٹین (جیسے BRAF V600E) اور مخصوص جین فیوژن (جیسے ALK فیوژن) کا پتہ لگانے کے لیے بھی استعمال کیا جا سکتا ہے۔ IHC کا فائدہ یہ ہے کہ اسے باآسانی ٹشو کے معمول کے تجزیہ کے عمل میں ضم کیا جا سکتا ہے، اس لیے اسے دوسرے ٹیسٹوں کے ساتھ ملایا جا سکتا ہے۔ اس کے علاوہ، IHC سب سیلولر پروٹین لوکلائزیشن کے بارے میں معلومات فراہم کر سکتا ہے۔ نقصانات محدود اسکیل ایبلٹی اور اعلی تنظیمی مطالبات ہیں۔
دوسری نسل کی ترتیب (NGS) NGS DNA اور/یا RNA کی سطح پر تغیرات کا پتہ لگانے کے لیے ہائی تھرو پٹ متوازی ترتیب کی تکنیک استعمال کرتی ہے۔ اس تکنیک کا استعمال پورے جینوم (WGS) اور دلچسپی کے جین خطوں دونوں کو ترتیب دینے کے لیے کیا جا سکتا ہے۔ ڈبلیو جی ایس جینومک میوٹیشن کی سب سے زیادہ جامع معلومات فراہم کرتا ہے، لیکن اس کے طبی استعمال میں بہت سی رکاوٹیں ہیں، بشمول تازہ ٹیومر ٹشو کے نمونوں کی ضرورت (ڈبلیو جی ایس ابھی تک فارمیلین غیر متحرک نمونوں کے تجزیہ کے لیے موزوں نہیں ہے) اور زیادہ قیمت۔
ٹارگٹڈ این جی ایس سیکوینسنگ میں مکمل ایکسون سیکوینسنگ اور ٹارگٹ جین پینل شامل ہے۔ یہ ٹیسٹ ڈی این اے پروبس یا پی سی آر ایمپلیفیکیشن کے ذریعے دلچسپی کے علاقوں کو تقویت دیتے ہیں، اس طرح مطلوبہ ترتیب کی مقدار کو محدود کرتے ہیں (پورا ایکزوم جینوم کا 1 سے 2 فیصد بناتا ہے، اور یہاں تک کہ 500 جینوں پر مشتمل بڑے پینل بھی جینوم کا صرف 0.1 فیصد بنتے ہیں)۔ اگرچہ پورے ایکسون کی ترتیب فارملین فکسڈ ٹشوز میں اچھی کارکردگی کا مظاہرہ کرتی ہے، لیکن اس کی قیمت زیادہ رہتی ہے۔ ٹارگٹ جین کے امتزاج نسبتاً معاشی ہوتے ہیں اور جانچنے کے لیے جین کے انتخاب میں لچک پیدا کرتے ہیں۔ اس کے علاوہ، گردش کرنے والا مفت DNA (cfDNA) کینسر کے مریضوں کے جینومک تجزیہ کے لیے ایک نئے آپشن کے طور پر ابھر رہا ہے، جسے مائع بایپسی کہا جاتا ہے۔ کینسر کے خلیے اور عام خلیے دونوں ہی خون کے دھارے میں ڈی این اے کو چھوڑ سکتے ہیں، اور کینسر کے خلیات سے خارج ہونے والے ڈی این اے کو گردشی ٹیومر ڈی این اے (ctDNA) کہا جاتا ہے، جس کا تجزیہ ٹیومر کے خلیوں میں ممکنہ تغیرات کا پتہ لگانے کے لیے کیا جا سکتا ہے۔
ٹیسٹ کا انتخاب اس مخصوص طبی مسئلے پر منحصر ہے جس کو حل کیا جانا ہے۔ منظور شدہ علاج سے وابستہ زیادہ تر بائیو مارکر کا پتہ FISH، IHC، اور PCR تکنیکوں سے لگایا جا سکتا ہے۔ یہ طریقے کم مقدار میں بائیو مارکرز کا پتہ لگانے کے لیے معقول ہیں، لیکن یہ بڑھتے ہوئے تھرو پٹ کے ساتھ پتہ لگانے کی کارکردگی کو بہتر نہیں بناتے ہیں، اور اگر بہت زیادہ بائیو مارکرز کا پتہ چل جائے تو پتہ لگانے کے لیے کافی ٹشو نہیں ہوسکتے ہیں۔ کچھ مخصوص کینسروں میں، جیسے پھیپھڑوں کا کینسر، جہاں ٹشو کے نمونے حاصل کرنا مشکل ہوتا ہے اور اس کے لیے متعدد بائیو مارکر ہوتے ہیں، NGS کا استعمال ایک بہتر انتخاب ہے۔ آخر میں، پرکھ کا انتخاب ہر مریض کے لیے ٹیسٹ کیے جانے والے بائیو مارکر کی تعداد اور بائیو مارکر کے لیے ٹیسٹ کیے جانے والے مریضوں کی تعداد پر منحصر ہے۔ کچھ معاملات میں، IHC/FISH کا استعمال کافی ہوتا ہے، خاص طور پر جب ہدف کی نشاندہی کی گئی ہو، جیسے چھاتی کے کینسر کے مریضوں میں ایسٹروجن ریسیپٹرز، پروجیسٹرون ریسیپٹرز، اور ERBB2 کا پتہ لگانا۔ اگر جینومک اتپریورتنوں کی مزید جامع تلاش اور ممکنہ علاج کے اہداف کی تلاش کی ضرورت ہے تو، NGS زیادہ منظم اور سرمایہ کاری مؤثر ہے۔ اس کے علاوہ، NGS پر غور کیا جا سکتا ہے ان صورتوں میں جہاں IHC/FISH کے نتائج مبہم یا غیر نتیجہ خیز ہوں۔

مختلف رہنما خطوط رہنمائی فراہم کرتے ہیں جس پر مریضوں کو جینیاتی جانچ کے اہل ہونا چاہئے۔ 2020 میں، ESMO پریسجن میڈیسن ورکنگ گروپ نے اعلیٰ درجے کے کینسر کے مریضوں کے لیے پہلی NGS جانچ کی سفارشات جاری کیں، جس میں اعلی درجے کے غیر اسکواومس غیر چھوٹے خلیے کے پھیپھڑوں کے کینسر، پروسٹیٹ کینسر، کولوریکٹل کینسر، بائل ڈکٹ کینسر، اور رحم کے کینسر کے ٹیومر کے نمونوں کے لیے معمول کے NGS ٹیسٹنگ کی سفارش کی گئی، اور ESMO کی 2020 کی بنیاد پر اس کی سفارش کی گئی۔ چھاتی کا کینسر اور نایاب ٹیومر۔ جیسے معدے کے سٹرومل ٹیومر، سارکوما، تھائیرائیڈ کینسر اور نامعلوم اصل کے کینسر۔
2022 میں، میٹاسٹیٹک یا ایڈوانسڈ کینسر کے مریضوں میں سومیٹک جینوم ٹیسٹنگ پر ASCO کی کلینیکل رائے میں کہا گیا ہے کہ اگر میٹاسٹیٹک یا ایڈوانس ٹھوس ٹیومر والے مریضوں میں بائیو مارکر سے متعلق تھراپی کی منظوری دی جاتی ہے، تو ان مریضوں کے لیے جینیاتی جانچ کی سفارش کی جاتی ہے۔ مثال کے طور پر، BRAF V600E اتپریورتنوں کی اسکریننگ کے لیے میٹاسٹیٹک میلانوما والے مریضوں میں جینومک ٹیسٹنگ کی جانی چاہیے، کیونکہ RAF اور MEK inhibitors اس اشارے کے لیے منظور شدہ ہیں۔ اس کے علاوہ، اگر مریض کو دی جانے والی دوا کے لیے مزاحمت کا واضح نشان موجود ہو تو جینیاتی جانچ بھی کی جانی چاہیے۔ مثال کے طور پر، Egfrmab KRAS اتپریورتی کولوریکٹل کینسر میں غیر موثر ہے۔ جین کی ترتیب کے لیے مریض کی مناسبیت پر غور کرتے وقت، مریض کی جسمانی حالت، کموربیڈیٹیز، اور ٹیومر کے مرحلے کو مربوط کیا جانا چاہیے، کیونکہ جینوم کی ترتیب کے لیے درکار مراحل کا سلسلہ، بشمول مریض کی رضامندی، لیبارٹری پروسیسنگ، اور ترتیب کے نتائج کا تجزیہ، مریض کی مناسب جسمانی صلاحیت اور متوقع عمر کا تقاضا کرتا ہے۔
سومیٹک تغیرات کے علاوہ، کچھ کینسروں کو جراثیمی جینز کے لیے بھی ٹیسٹ کیا جانا چاہیے۔ جراثیم کی لکیر کے اتپریورتنوں کی جانچ کینسر کے علاج کے فیصلوں پر اثر انداز ہو سکتی ہے جیسے چھاتی، رحم، پروسٹیٹ، اور لبلبے کے کینسر میں BRCA1 اور BRCA2 اتپریورتن۔ جراثیمی تغیرات کا مستقبل میں کینسر کی اسکریننگ اور مریضوں میں روک تھام کے لیے بھی مضمرات ہو سکتے ہیں۔ جو مریض جراثیمی تغیرات کی جانچ کے لیے ممکنہ طور پر موزوں ہیں انہیں کچھ شرائط کو پورا کرنے کی ضرورت ہوتی ہے، جن میں کینسر کی خاندانی تاریخ، تشخیص کے وقت عمر، اور کینسر کی قسم جیسے عوامل شامل ہوتے ہیں۔ تاہم، بہت سے مریض (50% تک) جراثیم کی لکیر میں پیتھوجینک اتپریورتنوں کو لے کر خاندانی تاریخ کی بنیاد پر جراثیم کی لکیر کے تغیرات کی جانچ کے روایتی معیار پر پورا نہیں اترتے ہیں۔ لہذا، اتپریورتن کیریئرز کی شناخت کو زیادہ سے زیادہ کرنے کے لیے، نیشنل کمپری ہینسو کینسر نیٹ ورک (NCCN) تجویز کرتا ہے کہ چھاتی، رحم، اینڈومیٹریال، لبلبے، کولوریکٹل، یا پروسٹیٹ کینسر والے تمام یا زیادہ تر مریضوں کو جراثیم کی لکیر کے تغیرات کے لیے ٹیسٹ کیا جائے۔
جینیاتی جانچ کے وقت کے حوالے سے، چونکہ طبی لحاظ سے اہم ڈرائیور اتپریورتنوں کی اکثریت کلونل اور کینسر کے بڑھنے کے دوران نسبتاً مستحکم ہوتی ہے، اس لیے اعلیٰ درجے کے کینسر کی تشخیص کے وقت مریضوں پر جینیاتی جانچ کرنا مناسب ہے۔ بعد میں ہونے والی جینیاتی جانچ کے لیے، خاص طور پر مالیکیولر ٹارگٹڈ تھراپی کے بعد، ٹیومر ٹشو ڈی این اے کے مقابلے میں سی ٹی ڈی این اے ٹیسٹنگ زیادہ فائدہ مند ہے، کیونکہ خون کے ڈی این اے میں ٹیومر کے تمام گھاووں کا ڈی این اے ہو سکتا ہے، جو ٹیومر کی نسبت کے بارے میں معلومات حاصل کرنے کے لیے زیادہ موزوں ہے۔
علاج کے بعد ctDNA کا تجزیہ علاج کے بارے میں ٹیومر کے ردعمل کی پیش گوئی کرنے اور معیاری امیجنگ طریقوں سے پہلے بیماری کے بڑھنے کی نشاندہی کرنے کے قابل ہو سکتا ہے۔ تاہم، علاج کے فیصلوں کی رہنمائی کے لیے ان اعداد و شمار کو استعمال کرنے کے لیے پروٹوکول قائم نہیں کیے گئے ہیں، اور ctDNA تجزیہ کی سفارش نہیں کی جاتی جب تک کہ کلینیکل ٹرائلز نہ ہوں۔ ctDNA ریڈیکل ٹیومر سرجری کے بعد چھوٹے بقایا گھاووں کا اندازہ لگانے کے لیے بھی استعمال کیا جا سکتا ہے۔ سرجری کے بعد ctDNA ٹیسٹنگ بیماری کے بعد کی ترقی کا ایک مضبوط پیش گو ہے اور اس سے یہ تعین کرنے میں مدد مل سکتی ہے کہ آیا مریض کو ضمنی کیموتھراپی سے فائدہ ہوگا، لیکن ابھی بھی یہ تجویز نہیں کی جاتی ہے کہ کیموتھراپی کے ضمنی فیصلوں کی رہنمائی کے لیے کلینیکل ٹرائلز سے باہر ctDNA استعمال کریں۔

ڈیٹا پروسیسنگ جینوم کی ترتیب کا پہلا مرحلہ مریضوں کے نمونوں سے ڈی این اے نکالنا، لائبریریوں کو تیار کرنا، اور خام ترتیب کا ڈیٹا تیار کرنا ہے۔ خام ڈیٹا کو مزید پروسیسنگ کی ضرورت ہوتی ہے، جس میں کم معیار کے ڈیٹا کو فلٹر کرنا، حوالہ جینوم کے ساتھ اس کا موازنہ کرنا، مختلف تجزیاتی الگورتھم کے ذریعے مختلف قسم کے تغیرات کی نشاندہی کرنا، پروٹین کے ترجمے پر ان تغیرات کے اثر کا تعین کرنا، اور جراثیم کی لائن کے تغیرات کو فلٹر کرنا شامل ہے۔
ڈرائیور جین تشریح کو ڈرائیور اور مسافر کی تبدیلیوں میں فرق کرنے کے لیے ڈیزائن کیا گیا ہے۔ ڈرائیور کی تغیرات ٹیومر کو دبانے والے جین کی سرگرمی کے نقصان یا اضافہ کا باعث بنتے ہیں۔ چھوٹی متغیرات جو ٹیومر کو دبانے والے جینوں کے غیر فعال ہونے کا باعث بنتی ہیں ان میں بکواس اتپریورتن، فریم شفٹ میوٹیشنز، اور کلیدی سپلیسنگ سائٹ میوٹیشنز شامل ہیں، نیز کم کثرت سے شروع ہونے والے کوڈن ڈیلیٹ، کوڈن ڈیلیٹ کو روکنا، اور انٹرن انسریشن/ڈیلیٹ میوٹیشنز کی ایک وسیع رینج۔ اس کے علاوہ، اہم فنکشنل ڈومینز کو متاثر کرتے وقت غلط فہمی کی تبدیلیاں اور چھوٹے انٹرن اندراج/حذف کرنے والے تغیرات بھی ٹیومر کو دبانے والے جین کی سرگرمی کے نقصان کا باعث بن سکتے ہیں۔ ساختی متغیرات جو ٹیومر کو دبانے والے جین کی سرگرمی کے نقصان کا باعث بنتے ہیں ان میں جزوی یا مکمل جین کا خاتمہ اور دیگر جینومک تغیرات شامل ہیں جو جین ریڈنگ فریم کو تباہ کرنے کا باعث بنتے ہیں۔ چھوٹی متغیرات جو آنکوجینز کے بہتر فنکشن کا باعث بنتی ہیں ان میں غلط فہمی کی تبدیلیاں اور کبھی کبھار انٹرن داخل کرنا/حذف کرنا شامل ہیں جو اہم پروٹین فنکشنل ڈومینز کو نشانہ بناتے ہیں۔ شاذ و نادر صورتوں میں، پروٹین کی کٹائی یا الگ کرنے والی جگہ کی تبدیلی آنکوجینز کے فعال ہونے کا باعث بن سکتی ہے۔ ساختی تغیرات جو oncogene ایکٹیویشن کا باعث بنتے ہیں ان میں جین فیوژن، جین ڈیلیٹیشن، اور جین ڈپلیکیشن شامل ہیں۔
جینومک تغیرات کی کلینیکل تشریح شناخت شدہ تغیرات کی طبی اہمیت کا اندازہ کرتی ہے، یعنی ان کی ممکنہ تشخیصی، تشخیصی، یا علاج کی قدر۔ کئی شواہد پر مبنی درجہ بندی کے نظام ہیں جن کا استعمال جینومک تغیرات کی طبی تشریح کی رہنمائی کے لیے کیا جا سکتا ہے۔
میموریل سلوان-کیٹرنگ کینسر سنٹر کا پریسجن میڈیسن آنکولوجی ڈیٹا بیس (اونکو کے بی) منشیات کے استعمال کے لیے ان کی پیشن گوئی کی قدر کی بنیاد پر جین کی مختلف حالتوں کو چار درجوں میں درجہ بندی کرتا ہے: لیول 1/2، FDA سے منظور شدہ، یا طبی لحاظ سے معیاری بائیو مارکر جو کسی منظور شدہ دوا کے ردعمل کی پیش گوئی کرتے ہیں۔ لیول 3، FDA سے منظور شدہ یا غیر منظور شدہ بائیو مارکر جو کہ کلینیکل ٹرائلز میں وعدہ ظاہر کرنے والی ناول ٹارگٹڈ دوائیوں کے جواب کی پیشین گوئی کرتے ہیں، اور لیول 4، غیر FDA سے منظور شدہ بائیو مارکر جو کہ نوول ٹارگٹڈ دوائیوں کے جواب کی پیشین گوئی کرتے ہیں جنہوں نے کلینیکل ٹرائلز میں قابل اعتماد حیاتیاتی ثبوت دکھائے ہیں۔ علاج کے خلاف مزاحمت سے وابستہ پانچواں ذیلی گروپ شامل کیا گیا۔
امریکن سوسائٹی فار مالیکیولر پیتھالوجی (AMP)/امریکن سوسائٹی آف کلینیکل آنکولوجی (ASCO)/کالج آف امریکن پیتھالوجسٹ (CAP) کے رہنما خطوط سومیٹک تغیرات کی تشریح کے لیے صوماتی تغیرات کو چار اقسام میں تقسیم کرتے ہیں: گریڈ I، مضبوط طبی اہمیت کے ساتھ؛ گریڈ II، ممکنہ طبی اہمیت کے ساتھ؛ گریڈ III، طبی اہمیت نامعلوم؛ درجہ چہارم، طبی لحاظ سے اہم نہیں جانا جاتا۔ علاج کے فیصلوں کے لیے صرف گریڈ I اور II کی مختلف حالتیں قابل قدر ہیں۔
ESMO کا مالیکیولر ٹارگٹ کلینیکل آپریبلٹی اسکیل (ESCAT) جین کی مختلف اقسام کو چھ سطحوں میں درجہ بندی کرتا ہے: لیول I، معمول کے استعمال کے لیے موزوں اہداف؛ فیز II، ایک ہدف جس کا ابھی مطالعہ کیا جا رہا ہے، ممکنہ طور پر مریضوں کی آبادی کو اسکرین کرنے کے لیے استعمال کیا جائے گا جو ہدف کی دوائی سے فائدہ اٹھا سکتی ہے، لیکن اس کی حمایت کے لیے مزید ڈیٹا کی ضرورت ہے۔ گریڈ III، ٹارگٹڈ جین کی مختلف قسمیں جنہوں نے کینسر کی دوسری انواع میں طبی فائدہ کا مظاہرہ کیا ہے۔ درجہ چہارم، صرف ٹارگٹڈ جین کی مختلف حالتیں جن کی تائید طبی ثبوتوں سے ہوتی ہے۔ گریڈ V میں، اتپریورتن کو نشانہ بنانے کی طبی اہمیت کی حمایت کرنے کے شواہد موجود ہیں، لیکن ہدف کے خلاف سنگل ڈرگ تھراپی بقا کو نہیں بڑھاتی، یا علاج کی ایک مشترکہ حکمت عملی اپنائی جا سکتی ہے۔ گریڈ X، طبی قدر کی کمی۔